Nene Yashiro es una estudiante de primero de bachillerato que asiste a la Academia Kamome, famosa por sus sucesos paranormales y por albergar también los siete míticos misterios. El séptimo misterio no es otro que Hanako, una chica que habita los lavabos del tercer piso de la academia y que se supone que concede deseos con el incentivo adecuado. Sin embargo, cuando Nene decide invocarla para conseguir enamorar al chico de sus sueños, se encuentra la sorpresa de que no se trata de una chica, sino de un chico. Después de que ese deseo fracase, en otro intento desesperado, Nene se come un objeto de Hanako que sirve para un conseguir pareja, pero lanza una maldición sobre quien lo consuma. Con tal de salvarla, Hanako también se lo come, pero a cambio hará que Nene tenga que trabajar para él como su asistenta.

Hanako se encarga de mantener la paz entre los espíritus y los humanos. Para ello se deshace de las apariciones malignas, sin importar los medios que tenga que utilizar. Poco a poco se va desgranando el pasado de Hanako mientras se descubren los secretos que se esconden entre los siete misterios de la academia.